Regionen Kroatia ble okkupert av det romerske imperiet i 200 år f.Kr., og ble delt inn i to provinser, Pannonia og Dalmatia. Med den romerske imperiets fall, bosatte de slaviske kroatiske stammene seg sakte og smeltet sammen med illyrisk-romerske innbyggere. Kort tid etter at befolkningen aksepterte kristendommen rundt det 9. århundre, ble landet et kongerike under kong Tomislavs styre.
I begynnelsen av 1200-tallet gikk Kroatia inn i en union med Ungarn, som varte til slutten av første verdenskrig. I middelalderen, da det tyrkiske angrepet på Europa startet, ble Kroatia nok en gang et grenseområde. Mens tyrkerne forsøkte å erobre landet, ble begge landene kritisk skadet, dermed valgte de Habsburgs til tronen, og stoppet det osmanske presset i en krig som varte til det 18. århundre. I løpet av den tiden var den venetianske innflytelsen dominerende i vest. Rett før slutten av første verdenskrig ble Kroatia en del av staten for slovenerne, kroatene og serberne, som bestod av alle sørslaviske territorier i det tidligere østerriksk-ungarske monarkiet. I 1929 ble landet omdøpt til Kongeriket Jugoslavia.
I perioden med andre verdenskrig ble Kroatia uavhengig under et høyreorientert regime, sterkt avhengig av tyskamerikansk militær støtte. Akseokkuputasjonen av Jugoslavia i 1941 tillot det kroatiske høyrepartiet Ustaša å komme til makten og danne den uavhengige staten Kroatia. Innen 1943 hadde partisanmotstandsbevegelsen fått overtaket. I 1945, med hjelp fra den sovjetiske røde armé, utviste partisanene aksemaktene og lokale støttespillere. Partisanene var en stor bidragsyter til fallet av det fascistiske regimet.
Etter nederlaget for aksemaktene gikk Kroatia igjen inn i den sosialistiske føderale republikken Jugoslavia (SFRY), ledet av kommunistisk regjeringsleder Josif Broz Tito. Et tiår etter Titos død stemte Kroatia for uavhengighet fra det politisk og økonomisk kriserammede Jugoslavia. Dette forsøket utløste serbisk aggresjon som resulterte i en fem år lang krig som startet i 1990. Tusenvis ble drept i kamper og brutal etnisk rensing. Den kroatiske hæren lykkes i å forsvare seg selv og landet sitt og oppnådde uavhengighet i 1991.
Kroatias første president, en del av HDZ-partiet, var Franjo Tudjman. Han ble valgt i mai 1990 og regjerte som president inntil sin død i 1999. Etter Tudjmans død ble Stjepan Mesic Kroatias andre president i 2000. Nå som Kroatia ikke lenger ble ansett som et krigsherjet land, kunne Mesic bringe om drastiske endringer. Regjeringen, under ledelse av Račan, implementerte Dayton-avtalen som hadde enorm innflytelse på regionalt samarbeid, tilbakevending av innvandrere, nasjonal forsoning og demokratisering. Kroatia praktiserer nå parlamentarisk demokratisk styring. De er medlem av WTO, og en optimistisk kandidat for EU og NATO. Ivo Josipovic er Kroatias nåværende president, valgt i 2010.