Kroatian alueen valtasi roomalainen imperiumi vuonna 200 eaa. ja se jaettiin kahteen provinssiin, Pannoniaan ja Dalmatiaan. Roomalaisen imperiumin romahduksen myötä slaavilaiset kroatialaiset heimot asettuivat vähitellen ja sekoittuivat illyrialais-roomalaisten asukkaiden kanssa. Pian sen jälkeen, kun väestö hyväksyi kristinuskon noin 800-luvulla, maasta tuli kuningaskunta kuningas Tomislavin hallitsemana.
1200-luvun alussa Kroatia tuli liittoon Unkarin kanssa, joka kesti ensimmäisen maailmansodan loppuun asti. Keskiaikana, kun Turkin hyökkäys Eurooppaan alkoi, Kroatia muuttui jälleen rajamaaksi. Kun turkkilaiset yrittivät valloittaa maan, molemmat maat kärsivät vakavasti ja valitsivat Habsburgit valtaistuimelle, ja pysäyttivät Osmanien paineen sodassa, joka kesti 1700-luvulle asti. Sinä aikana venetsialainen vaikutus oli vallitseva lännessä. Lyhyesti ennen ensimmäisen maailmansodan loppua Kroatia tuli osaksi Slovenien, kroaattien ja serbien valtiota, joka koostui kaikista entisen Itävalta-Unkarin monarkian eteläisistä slaavilaisista alueista. Vuonna 1929 maa nimettiin Jugoslavian kuningaskunnaksi.
Toisen maailmansodan aikana Kroatia itsenäistyi oikeistolaisen hallinnon alaisena, joka oli riippuvainen saksalaisesta sotilasavusta. Akselin miehitys Jugoslaviassa vuonna 1941 mahdollisti kroatialaisen oikeistopuolueen Ustašan pääsyn valtaan, muodostaen Kroatian itsenäisen valtion. Vuoteen 1943 mennessä partisaaniliike oli saanut yliotteen. Vuonna 1945, neuvostoarmeijan avustuksella, partisaanit karkottivat akselivaltojen joukot ja paikalliset tukijat. Partisaanit olivat merkittävä tekijä fasistisen hallinnon kaatamisessa.
Akselin joukkojen tappion jälkeen Kroatia liittyi jälleen sosialistiseen liittovaltion Jugoslaviaan (SFRY), jota johti kommunistisen hallituksen johtaja Josif Broz Tito. Kymmenen vuotta Titon kuoleman jälkeen Kroatia äänesti itsenäisyyden puolesta eristäytyen poliittisesta ja taloudellisesta kriisistä kärsivästä Jugoslaviasta. Tämä yritys laukaisi serbialaista aggressiota, mikä johti viisi vuotta kestäneeseen sotaan alkaen vuonna 1990. Tuhansia kuoli taisteluissa ja brutaalissa etnisessä puhdistuksessa. Kroatian armeija onnistui puolustamaan itseään ja maataan ja saavutti itsenäisyyden vuonna 1991.
Kroatian ensimmäinen presidentti, HDZ-puolueen jäsen, oli Franjo Tudjman. Hänet valittiin toukokuussa 1990 ja hän hallitsi presidenttinä kuolemaansa asti vuonna 1999. Tudjmanin kuoleman jälkeen Stjepan Mesićistä tuli Kroatian toinen presidentti vuonna 2000. Nyt kun Kroatiaa ei enää pidetty sodan runtelemana maana, Mesić pystyi tuomaan aikamoisia muutoksia. Hallitus, Račanin johdolla, toteutti Daytonin rauhansopimukset, joilla oli valtava vaikutus alueelliseen yhteistyöhön, maahanmuuttajien paluuseen, kansalliseen sovintoon ja demokratisaatioon. Kroatia harjoittaa nyt parlamentaarista demokratiaa. He ovat WTO:n jäseniä ja optimistisia ehdokkaita EU:hun ja Natoon. Ivo Josipović on Kroatian nykyinen presidentti, valittu vuonna 2010.