Regionen Kroatien blev besat af det Romerske Imperium i 200 år f.Kr., og opdelt i to provinser Pannonia og Dalmatien. Med faldet af det Romerske Imperium bosatte de slaviske kroatiske stammer sig langsomt og fusionerede med illyrisk-romerske indbyggere. Kort efter accepterede befolkningen kristendommen omkring det 9. århundrede, og landet blev et kongerige under Kong Tomislavs styre.
I begyndelsen af det 12. århundrede indgik Kroatien en union med Ungarn, som varede indtil afslutningen af Første Verdenskrig. I middelalderen, da den tyrkiske inkrækning i Europa startede, blev Kroatien igen et grænseområde. Mens tyrkerne forsøgte at erobre landet, blev begge lande kritisk beskadiget, så de valgte Habsburgerne til tronen og stoppede det osmanniske pres i en krig, der varede indtil det 18. århundrede. I den periode var den venetianske indflydelse dominerende mod vest. Kort før afslutningen af Første Verdenskrig blev Kroatien en del af Staten af Slovener, Kroater og Serbere, sammensat af alle de sydslaviske områder fra det tidligere Østrig-Ungarske Monarki. I 1929 blev landet omdøbt til Kongeriget Jugoslavien.
I perioden under Anden Verdenskrig blev Kroatien uafhængigt under et højreorienteret regime, stærkt afhængigt af tysk militær støtte. Aksernes besættelse af Jugoslavien i 1941 gjorde det muligt for det kroatiske højreparti Ustaša at komme til magten og danne den Uafhængige Stat Kroatien. I 1943 havde partisanmodstandsbevægelsen fået overhånd. I 1945, med hjælp fra den sovjetiske Røde Hær, udviste partisanerne aksemagterne og lokale tilhængere. Partisanerne var en stor bidragyder til faldet af det fascistiske regime.
Efter nederlaget til aksemagterne sluttede Kroatien sig igen til den Socialistiske Føderale Republik Jugoslavien (SFRY), ledet af den kommunistiske regeringsleder Josif Broz Tito. Et årti efter Titos død stemte Kroatien for uafhængighed væk fra det politiske og økonomiske kriseplagede Jugoslavien. Dette forsøg udløste serbisk aggression, hvilket resulterede i en fem år lang krig, der startede i 1990. Tusinder blev dræbt i kampe og brutal etnisk udrensning. Den kroatiske hær lykkedes i at forsvare sig selv og deres land og opnåede uafhængighed i 1991.
Kroatien første præsident, del af HDZ-partiet, var Franjo Tudjman. Han blev valgt i maj 1990 og regerede som præsident indtil sin død i 1999. Efter Tudjmans død blev Stjepan Mesic Kroatiens anden præsident i 2000. Nu hvor Kroatien ikke længere blev betragtet som et krigshærget land, var Mesic i stand til at bringe drastiske ændringer. Regeringen, under ledelse af Račan, implementerede Dayton-fredsaftalen, som havde enorm indflydelse på regionalt samarbejde, tilbagevenden af immigranter, national forsoning og demokratisering. Kroatien praktiserer nu parlamentarisk demokratisk styre. De er medlem af WTO og en optimistisk kandidat til EU og NATO. Ivo Josipovic er Kroatiens nuværende præsident, valgt i 2010.